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Textüberschrift

Bioinformatik 2015

Für die Übungen sind 8 Gruppen vorgesehen.

Für die Übungen brauchen je zwei Studierende ein Notebook mit WLAN Zugang. Bitte sprechen Sie sich ab und melden sich rechtzeitig bei mir (TL), falls die eigenen Notebooks nicht ausreichen. Bitte installieren Sie rechtzeitig die unten aufgelisteten Programme bzw. richten Sie einen account für sich ein.

 

Programme

ClustalX2, Clustal Omega
http://www.clustal.org/clustal2/, bitte installieren
Itol
itol.embl.de, bitte account einrichten
Muscle http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm, installieren
Phylip

http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html, installieren

Mega 6
http://www.megasoftware.net/, installieren
Ape
 http://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/, installieren
Pymol

über http://pymol.org/educational/ installieren (oder hier für Linux bzw. Windows)

 

Für Windows-Bestriebssysteme: bitte richten Sie ein Verzeichnis ein, in das die Programme ClustalX2, Clustal Omega, Muscle, Phylip  verschoben werden. In dem Verzeichnis werden später die Sequenzen abgelegt und bearbeitet. Bitte schalten Sie in der Systemsteuerung - > Ordneroptionen "Erweiterungen bei bekannten Dateitypen ausblenden" ab, siehe Bild:

 

 

Einteilung der Gruppen

Die Gruppeneinteilung finden Sie auf dieser Seite.

 

 

Zeitplan




Vorlesung Gaede-Hörsaal Geb 30.22



Montag, 8. Juni 2015 09:45-11:15  16. Bioinformatische Analysen 1   Lamparter  Unterlagen 16 und 17

Mittwoch, 10. Juni 2015 09:45-11:15  17. Bioinformatische Analysen 2   Lamparter

Montag, 15. Juni 2015 09:45-11:15  18. Bioinformatische Analysen 3   Kämper link zu Folien für 18

Mittwoch, 17. Juni 2015 09:45-11:15  19. Expressionsanalysen     Fokina Unterlagen für 19

Montag, 22. Juni 2015 09:45-11:15  20. in-silico protein characterisation, 3D   Gescher Unterlagen für 20








Übungen





Die Übungen müssen bis 10. Juli per Email oder Dropbox bei dem Betreuer abgegeben werden. Punkte werden auf die Modul 4 Klausur angerechnet.


 

 

Tag Uhrzeit Thema Dozent, Gruppen Raum Dozent, Gruppen Raum
Dienstag, 23. Juni 2015 14:00-18:00

Alignment

Skript für alignments

Skript für Phylogenie

Needleman Wunsch Tabelle

 

Lamparter/Falk 1,2 30.28 R 220 und R 120
Fan/Lohmeyer 3,4 30.28 R 005 oder R 004
Mittwoch, 24. Juni 2015 14:00-18:00

Protein

Skript für Proteine

Gescher 1,2 30.44 Raum 007 EG Fokina 3,4 30.44 Raum 007 EG
Donnerstag, 25. Juni 2015 14:00-18:00 Klonierung Kämper 1,2  30.44 Raum 007 EG Dötsch 3,4 30.44 Raum 007 EG
Dienstag, 30. Juni 2015 14:00-18:00 Alignment Lamparter/Falk 5,6 30.28 R 220 und R 120 Fan/Lohmeyer 7,8 30.28 R 005 oder R 004

Mittwoch, 1. Juli 2015 14:00-18:00 Protein Gescher 5,6 30.44 Raum 007 EG  Fokina 7,8 30.44 Raum 007 EG
Donnerstag, 2. Juli 2015 14:00-18:00 Klonierung Kämper 5,6 30.44 Raum 007 EG Dötsch 7,8 30.44 Raum 007 EG
Freitag, 10. Juli 2015
letzter Abgabetermin der Aufgaben





Freitag, 17. Juli 2015 Semesterende